Храмът на Ком Омбо е построен 3.-2. век преди Христа, по време на Птолeмейската династия. Ком Омбо е необикновен храм, тъй като е разделен на два съседни храма, посветени на две божества: южната му част е Собек, божество с глава на крокодил (бог на плодородието), а северната част, посветена на бог Хор (повелител на войната).
Любопитен факт е, че в храма са открити много мумифицирани крокодили.
Храмът на места е бил разрушен от земетресения, от наводненията на река Нил и дори от строители, които използвали камъните за собствените си строежи.